서기 2004년 지구는 갑작스레 정체불명의 지구외생명체에게 습격을 받았다. 하늘을 뒤덮는 UFO의 무리…… 잔인하고 냉혹한 침략자 이리저리 도망치는 사람들! 압도적인 과학력의 차이!
경찰도 방위군도 손도 못써보고 패하고 그리고……

나는 케로로 중사, 케론별 우주침략군 특수선행공작부대대장입니다. 지구침략을 위하여 은밀한 행동을 하고 있던 나는 히나타 훗키님과 히나타 나츠미님이라고 하는 지구인의 포로가 되고, 본대는 나를 두고 지구에서 후퇴해 버렸습니다. ……결국, 훗키님과 우호조약을 맷고 정식으로 히나타카 배속이 되어버린 나. 가혹한 노동을 매일 강요 당하고 있습니다만, 언젠가 반드시 지구를 정복 할 것입니다. 그때 지구에 잠복하고 있던 내 부하 타마마 이동병을 훗키님의 학교에서 발견! 이 상태로 우리 소대의 동료가 집결하면 좌절되었던 지구정복을 재개할 수 있습니다.


세상은 신학기인 모양이네요
새학기라니 어떤가요?
새로 만나는 사람도 있겠죠
어떤가요? 사회인 여러분은 어떤가요?
취직 못한 사람은 핀치로군 여러분 죽지 않을 정도로만 힘내주세요.

집밖으로 나가지 못해 답답해하는 케로로. 외계인이라는 자신의 정체를 들키지 않고 밖으로 나갈 수 있는 갖은 방법을 생각해보지만 그다지 마땅한 방법이 없다. 이에 케로로는 실망에 빠지지만 알고 보니 허무하게도 이미 타마마는 안티 배리어라는 장치를 이용해 쉽게 집밖을 들락거리는 것이었다……
지구인의 포로가 된 케로로를 한심하게 여긴 기로로는 히나타 후유키네 집을 점거해 지구 침략의 전초 기지로 삼고자 한다. 그를 위해 집 여기저기에 부비트랩을 설치 하지만 히나타 나츠미는 무사히 트랩을 빠져 나오고, 기로로는 그런 히나타 나츠미에게 반한다.


네놈들 골든위크에 뭐할지는 정했나?
하고 싶은 건 많겠지만 그렇게 마음대로는 할 수 없는 법
돈이나 시간이 없는 사람이 많으니까 뭐 잘 안될 때는 포기해야지

에피소드:
제5화: 장난감을 사랑하는 사나이들의 노래
제6화: 모모카, 러브러브 남해대작전
모모카, 휴~ 남해대작전

줄거리:
케로로 중사는 첫 월급을 받아 건담 프라모델을 사기 위해 동네 장난감 가게를 찾아간다. 하지만 모습을 감춘 채로 장난감을 살 수 없다는 사실을 깨닫고 나오려 하지만 이미 가게 문이 닫힌 상태. 창문으로 겨우 탈출한 케로로는 후유키한테 부탁해 프라모델을 사려하지만 뒤늦게 온 사빈한테 선수를 빼앗긴다.
그리고 장난감 가게가 곧 문을 닫는다는 소식을 듣고는 장난감 가게를 살리기 위해 주인 할아버지를 찾아가 설득 작전을 펼치는데…… 황금연휴를 맞아 케로로는 집안에 틀어박혀 답답해 한다. 그런데 마침 모모카가 후유키에게 같이 놀러 가자고 연락을 하고 남쪽 섬에서 후유키와 단둘이 시간을 보내려던 모모카의 계획과는 달리 온 집안 식구들과 함께 남쪽 섬으로 떠난다……