지구로 돌아온 데츠로를 기다리고 있는것은 기계인간과의 피비리린내나는 전쟁이었다. 그러던 어느날 메텔로부터 은하철도999호에 탑승하라는 메시지가 전달된다. 기차를 탄 데츠로가 향한곳은 라메탈행성. 데츠로는 999호의 새로운 웨이트리스 메탈메나로부터 이곳이야말로 진정한 메텔의 고향이라는 말을 듣고 의아해 한다. 한편 기계인간에게 점령당한 떵 라메탈에서 만난 저항군 마우타와 진한 우정을 나누는 데츠로는 메텔의 숨겨진 모습을 전하는 그의 말을 듣고 다시 한번 놀라게 되는데...