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매부리코 인형 곤조가 대홍수 와중에 노아의 방주에서 쫓겨나는 악몽을 꾸고 난 다음부터 그에게 이상한 일들이 일어나기 시작한다.
알파벳 모양의 과자들이 저절로 움직여 "너 거기 있니(R U THERE)"라는 메시지를 보내는가 하면, 갑작스럽게 생겨난 광선을 타고 우주에 다녀오게 된 것이다. 이후 며칠동안 외계로부터 정체불명의 메시지를 받던 곤조는 자신이 외계에서 왔다고 확신하게 되고, 미스 피기(돼지), 리조(생쥐), 커미(개구리)등 곤조의 친구들은 이런 곤조를 이상하게 여긴다.
한편, 외계인에 대한 정보를 다르는 국가 기밀 보장회의는 이집트의 피라미드, 영국의 스톤헨지 등에 "너 거기 있니"라는 메시지가 표시되고 있다는 정보를 입수한다. 국가 기밀 보장회의 의장인 에드가는 이것들이 외계인들이 지구를 침략하려는 증거라고 믿고, UFO매니아 프로그램에 출연해 자신이 외계인이라고 폭로하던 곤조를 잡아들인다.
에드가는 곤조를 생체 실험 대상으로 쓰려고 하고, 이 사실을 알게 된 곤조의 친구들은 힘을 합쳐 곤조를 구출하러 나선다. 이들은 최면 스프레이, 투명인간 시약 등을 영리하게 이용해 곤조를 구하는 데 성공하지만, 곤조는 외계인 동포가 자신을 데리러 오기로 했다면서 친구들을 이끌고 외딴 해변으로 간다. 밤새 동포들을 기다리다 지친 곤조가 포기하려는 순간 하들에서 이상한 물체가 날아오는데...