스페셜피쳐(자막:한국어, 스페인어, 포르투갈어)
* Director’s Cut: <엑스 파일: 나는 믿고 싶다> 디렉터스 컷
* Audio Commentary by Chris Carter and Frank Spotnitz (Theatrical & Director’s Cut)
: 크리스 카터 감독과 공동 각본가 프랭크 스포트니츠의 음성 해설
* Trust No One: Can The X-Files Remain a Secret? : <엑스 파일: 나는 믿고 싶다> 제작 과정
1. You Can Go Home Again
2. Misinformation
3. Don’t Give Up
* Body Parts: Special Makeup Effects : 신체 각 부분의 특수 분장 과정
* Chris Carter: Statements on Green Production : 크리스 카터가 공개하는 친환경적으로 영화를 제작하는 방법
* Dying 2 Live by Xzibit: 엑스지빗의 뮤직 비디오 ‘Dying 2 Live’
* Deleted Scenes: 3개의 삭제 장면
Cheryl Cunningham Begs Scientist to Let Her Go / Father Joe Visits Scully at Hospital / Mulder Escapes from Car Wreck
* Gag Reel: NG 모음
* Trailers: 예고편
Domestic Theatrical Trailer / international Theatrical Trailer
* Still Galleries: 스틸 갤러리
Collectibles - ‘엑스 파일’과 관련된 각종 수집품 사진 / Concept Art - 컨셉트 아트 / Storyboards - 스토리보드 / Unit Photography - 촬영 현장 사진
* Isolated Score (Theatrical): 5.1 DTS로 제공되는 영화 음악
* Easter Egg - Cartoon Network Promo : 이스터 에그
Blu-ray EXCLUSIVE CONTENT * In-Movie-Features (For Director’s Cut Only)
: 본편 재생 중 리모콘의 4가지 색깔의 버튼을 눌러 관련 정보에 접근할 수 있는 기능 녹색-PIP 코멘터리 / 파란색-비하인드 카메라 / 노란색-스토리보드 & 컨셉트 아트 / 붉은색-다른 버튼의 현재 진행 사항을 텍스트로 표시
* Picture-In-Picture Commentary by Chris Carter and Frank Spotnitz (Director’s Cut) : 크리스 카터와 프랭크 스포트니츠의 PIP 코멘터리
* The X-Files Complete Timeline (한글 자막 없음) : ‘엑스 파일’ 시리즈의 시작 전 역사에서부터 현재의 영화화 과정까지 관련된 인물과 사건 등 ‘엑스 파일’의 전부를 일목요연하게 정리해놓은 방대한 데이터베이스
* D-BOX Motion Code: D-BOX 모션 코드 삽입

접근조차 불가능한 미스터리… 그러나 진실은 밝혀져야 한다!
웨스트버지니아의 작은 마을에서 FBI 배넌 요원의 실종 사건이 발생하자 휘트니(아만다 피트 분)를 팀장으로 수사팀이 구성된다. 사건 추적의 중요한 실마리를 제공한 인물은 영매능력이 있다고 주장하는 조셉 신부. 그가 보는 환영을 바탕으로 사라진 요원의 팔을 발견하자 FBI는 초자연 현상을 믿는 멀더(데이빗 듀코브니 분)에게 도움을 요청하고자 한다. 하지만 멀더는 시골에 은둔해 있는 상황. 이에 FBI는 가톨릭 병원에서 의사로 일하고 있는 스컬리(질리안 앤더슨 분)에게 멀더가 수사에 참여하도록 설득해달라고 부탁한다. FBI의 제안을 한사코 거절하던 멀더는 결국 스컬리와 함께 오래간만에 FBI 본부로 향한다. 한편, 배넌 요원의 잘린 목이 발견되고 사건이 장기밀매 조직과 관련되었음이 밝혀지면서 수사는 급물살을 타지만, 용의자를 추적하던 휘트니 팀장이 살해를 당하는데…