천년을 주기로 타원궤도를 그리며 태양계를 도는 별 라메탈. 하지만 그 라메탈은 1999년 9월 9일 0시 9분 9초에 지구에 가장 가까이 접근하여 지구는 큰 재앙 앞에 놓이게 된다. 라메탈의 성 여왕 라레라는 그녀의 딸이자 마지막 천년여왕 "라 안드로메다 프로메슘" (지구명 '야요이')에게 라메탈의 운명을 결정짓는 중요한 임무를 부여한다. 영원히 떠돌이 별로 전락해버릴 죽음의 별에 직면한 라메탈을 구하기 위해 지구인과학자를 라메탈행성에 납치하는 임무와 라메탈 인을 지구에 실어 나를 우주선을 만드는 임무를 부여 받은 천년여왕 야요이. 공학박사인 '하지메'의 아버지 아마모리는 지구의 천문대에 근무하는 야요이의 부탁으로 영문도 모른채 우주선의 동력부분의 설계도를 만든다. 하지만 이 계획을 훨씬 이전부터 알아챈 라메탈에서 온 '천년도적'은 지구를 구하기 위해 천년여왕의 임무를 조직적으로 방해한다. 또한 동력을 완성하지 못하고 의문의 폭발사고로 숨진 하지메의 아버지 아마모리가 남긴 우주선 동력설계도를 먼저 손에 넣기위해 "천년여왕"과 "천년도적"의 한판 승부가 기다린다. 지구인으로 행세하며 천문대에서 아르바이트를 해온 천년여왕 야요이는 자신의 임무수행일이 시시각각 다가옴에 따라 설계도를 손에 넣기 위해 하지메를 설득하기에 나선다. 한편 천년여왕의 부하 야모리는 지나치게 지구인을 배려하며 우주선 설계도를 손에 넣지 못하고 있는 천년여왕의 방식에 못마땅해 한다. 결국 천년여왕이 하지메를 통해 지구인에 범 우주 애 적 사랑을 느끼고 있다는 걸 눈치 챈 야모리는 천년여왕의 어머니인 성 여왕 라레라 에게 이 사실을 보고한다. 분노한 성 여왕은 자신의 딸 천년여왕을 폐위하고 새로운 천년여왕을 임명하려하지만 실패한다. 결국 라메탈의 군대와 지구방위대와의 전쟁은 피할 수 없는 상황에 이른다. 천년도적은 다름 아닌 바로 폐위된 천년여왕이었고 그 뒤를 이은 천년여왕이 야요이 었던 것이다. 남장을 했던 천년도적은 다름 아닌 라 안드로메다 프로메슘(야요이)의 언니 세렌 이었다. 라메탈의 무차별한 지구침략에 대항해 일찍이 천년여왕을 버리고 천년도적으로 바꾼 세렌과 소년 하지메를 통해 따뜻한 지구인의 마음을 느껴온 천년여왕 야요이는 라메탈 인의 영원한 삶을 위해 지구를 침략한다는 사실에 분노하여 지구를 구하기 위해 성 여왕이 이끄는 라메탈 군대와 일전을 준비한다. 하지만 야요이와 세렌은 지구보다 훨씬 과학문명이 발달한 라메탈 군대를 이길 수 없다는 사실도 잘안다. 결국 천년여왕은 하지메의 아버지 아모모리가 설계한 설계도로 만든 우주선 선더버드호 를 이용해 자신의 희생으로 라메탈 인과 지구인 모두를 구할 수 있는 방법을 알아낸다. 천년여왕 라 안드로메다 프로메슘은 우주선과 함께 지구와 라메탈 을 구하지만 라메탈은 타원궤도를 이탈하며 더 이상 사람이 살 수 없는 얼음으로 둘러싸여 사람이 살수 없는 죽음의 떠돌이 별에 직면하는데...

disc 1

제 1부
1999년 9월 9일 0시 9분 9초
제 2부
하지메여, 드넓은 우주를 보라
제 3부
천년 도적의 음모
제 4부
사라진 운석

disc 2
제 5부
땅 밑에 배가…
제 6부
지하의 아파트 단지
제 7부
지하기지로의 초대
제 8부
위기를 부르는 지하폭발

disc 3
제 9부
대형 동굴의 비밀에 다가가라
제 10부
성스러운 묘지에서의 전투
제 11부
천년 도적은 적인가, 아군인가?
제 12부
천체망원경의 비밀

disc 4
제 13부
처형일의 날이 밝는다
제 14부
기계궁전의 여왕
제 15부
진실은 어둠 속으로
제 16부
악마의 별, 라메텔

disc 5
제 17부
야요이가 천문대를 떠나는 날
제 18부
파국을 예고하는 진지
제 19부
내일을 위한 결단
제 20부
다가오는 지구의 위기
제 21부
사신 계란의 의혹

disc 6

사신 게란의 의혹
제 22부
그림자 속의 남자
제 23부
폭풍 부는 밤의 대결
제 24부
두 개의 목걸이
제 25부
숙적을 이어주는 인연

disc 7

제 26부
운명의 재회
제 27부
악마의 별에서 온 사자
제 28부
반역을 향한 여행
제 29부
검은 도시에서의 결투

disc 8

제 30부
숙명의 별을 쏴라!
제 31부
날아라, 피닉스!
제 32부
지구 공격 명령
제 33부
천년여왕의 기적

disc 9

제 34부
전투함 '두 개의 별' 출격
제 35부
지하 피난
제 36부
지구 파멸의 서장
제 37부
절망의 바다를 건너라!

disc 10

제 38부
대결전 전야
제 39부
내일이 없는 승리
제 40부
암흑 혜성의 저주
제 41부
지구 최후의 날
제 42부
천년 여왕의 전설