출세가 보장된 의사라는 직업을 멀리하고 사제가 된 이태석 신부는 아프리카 최대 빈국이자 남북으로 갈려 동족 전쟁이 진행 중인 수단으로 가고자 한다. 그 사실을 안 어머니는 만류하며 이태석 신부와 심한 갈등을 빚지만 결국 아들의 뜻에 밀려 마지못해 허락을 하게 되고, 이태석 신부 역시 같이 살자는 어머니의 소망을 이뤄주지 못했다는 자책감에 빠져 깊은 고민을 하던 중 수단의 톤즈라는 선교 공동체로 와 가난한 원주민들을 보면서 역시 자기의 뜻이 옳았다고 생각한다.
그리곤 여기저기 병마와 전쟁 상처로 죽어가는 수단의 많은 환자들을 보면서 원주민들과 힘을 합해 병원을 짓기 시작한다. 병원이 지어지자, 수백 킬로 밖에서도 환자들이 매일 구름처럼 모여든다. 몸은 파김치가 되어 쓰러질 지경이지만 그래도 이태석 신부는 자기가 가진 것을 남에게 줄 수 있어 행복하다. 더군다나 로다와 산티노라는 그곳 소녀와 청년의 도움으로 톤즈 주민들과의 소통도 원활해진다. 그렇지만 먹고 입는 것이며 생활의 가장 기본적인 환경이 너무 열악하여 늘 위험에 노출되어 있는 이태석 신부. 끼니가 형편없다. 그럴 때마다 문득 문득 찾아오는 인간적인 갈등....
어느 날 이태석 신부 앞에 조반니라는 이름의 떠돌이 남자가 총에 맞은 다리를 고쳐 달라며 멀리서 찾아오고 둘은 친구가 된다. 이태석 신부는 조반니가 자기의 마음을 너무 잘 알고 있을 뿐만 아니라 인간적으로 흔들릴 때마다 치유를 해주는 놀라운 존재라는 사실을 깨닫는다.
폭격기가 날아와 무차별 사격을 하거나 동족들끼리 가장 큰 재산인 소를 훔쳐가는 일로 잔학한 살인이 벌어지는 광경을 목도하며 위험한 곳에 괜히 왔다는 인간적인 갈등을 느꼈을 때도 스와크로 인해 마음을 다잡는다. 그렇지만 그 와중에 아끼던 소녀 로다가 총에 맞아 죽게 되는 일을 겪으면서 공부를 더 해서 간호사가 되고자 했던 로다의 꿈을 생각하여 학교를 짓기로 결심한다. 그리곤 웃음을 잃고 늘 어두운 표정으로 사는 톤즈의 학생들에게 어떻게 하면 즐거움 마음으로 공부할 수 있을까 생각하다가 밴드부를 만들기로 하고 교육에도 음악적 요소를 가미한다. 그 시도는 매우 효과적이어서 아이들 얼굴에 웃음이 퍼져나가게 되고 브라스 밴드부는 수단 대통령의 초대까지 받게 되는데....
그리곤 한센인들과의 뜨거운 만남, 이어 벌어지는 아름다운 상하의 크리스마스... 이 모든 게 조반니와의 튼실한 믿음과 확신 속에서 꿈처럼 이어진다.
그렇지만 다리가 다 나은 조반니는 떠나고 그가 떠난 다음에 이태석 신부는 그가 자기 내면에 존재하는 또 다른 신앙적 존재라는 사실을 뒤늦게 깨닫는다.


모금활동을 하기 위해 다시 한국에 들어오게 된 이태석 신부. 그가 몸에 이상을 느낀다. 그리고 말기 암 선고를 받는다. 이 사실에 어머니는 큰 충격을 받아 쓰러지고 이태석 신부는 수단으로 돌아가지 못함을 안타까워한다. 투병 끝에 죽음 앞에 선 이태석 신부. 삶은 사랑을 베푸는 것으로 충분히 아름다운 것이란 말을 하며 그가 떠난다. 그리고 영혼이 되어 톤즈로 돌아가서 그를 위해 조곡의 브라스밴드를 부는 악단 옆에서 행복한 미소를 짓는다.