25회
최우(정보석)에게 고려가 몽고의 노예가 되지 않으려면 섬으로 근거지를 옮겨 끝까지 항쟁해야된다고 말하는 김준(김주혁). 최우는 김준을 강화로 보내며, 백년전쟁을 준비하라는 말을 남긴다. 불상의 점안식을 하며 잘못된 욕망은 자신과 남을 태우는 일이라고 일침하는
수기스님(오영수). 김약선(이주현)은 술자리에 김준을 부르고, 송이(김규리)에게 김준의 술잔을 채워주라는 말을 한다.

26회
강화에 다녀온 김준(김주혁)의 보고를 듣고 천도를 준비하는 최우(정보석). 최우는 김준에게 몽고 다루가치들을 한자리에 불러 모두 죽이라는 명령을 내린다. 고종(이승효)과 신료들에게 강화로의 천도를 선포하는 최우. 김준은 최양백(박상민)과 함께 다루가치들을 죽이기 위해 군사를 나누어 습격을 준비한다.

27회
양백(박상민)을 죽이지 않는 김준(김주혁). 김준은 목을 치는 것보다 너의 잘못을 지적해 주는 것이 중요하다며 양백이 자신을 신뢰하지 않는 것에 슬프다는 말을 남긴다. 황제 고종(이승효)은 천도를 서두르는 최우(정보석)의 의견에 따라 신료들과 함께 개경을 떠나 강화로 이동한다. 대집성(노영국)의 딸 대씨부인(김유미)과 혼례를 올리는 최우. 대씨부인과 송이(김규리)는 첫 만남부터 서로를 경계하기 시작한다

28회
대장경을 지키기 위해 대구로 향하는 김준(김주혁)과 노군들. 김준과 양백(박상민)은 월아(홍아름)와 닮은 안심을 보고 깜짝 놀란다. 몽고군의 사자로 고려 도방을 찾은 홍복원. 고려의 국왕 또는 최우(정보석) 둘 중에 한명이 몽고군의 대원수 앞에 무릎을 꿇어야 몽고 다루가치들을 죽인 것을 넘어가줄 수 있다고 말한다.

29회
군사를 나누어 일부는 산성을 공격하고, 나머지는 부인사로 보내 대장경을 태우려는 몽고군. 김준(김주혁)은 죽을힘을 다해 몽고군을 막아보려하지만, 실패하고 결국 경판들은 불타버린다. 대장경을 지키기위해 필사적으로 싸우던 김준은 혼수상태에 빠진다. 살리타이를 죽인 승려 김윤후(박해수)를 환영해주는 최우(정보석). 몽고군은 홍복원을 최우에게 보내 살리타이의 목을 주면 퇴각하겠다고 협상에 나선다.


30회
김준(김주혁)을 면천시키겠다고 결심하는 최우(정보석). 고종(이승효)은 김준에게 벼슬을 내린다. 관직에서 자신의 한계를 느끼고 있다며, 송이(김규리)에게 돌아와줄수 없냐고 묻는 김약선(이주현). 송이는 자신이 잘못되었고, 가서도 안되는 길을 가고 있으면서도 발걸음을 돌리지 못하고 있다고 대답한다

31회
최우(정보석)에게 김약선(이주현)과 이혼을 하고, 김준(김주혁)과 결혼하고 싶다고 말하는 송이(김규리). 화를 내며 말도 안된다는 최우에게 송이는 도방과 고려의 미래를 위해 깊이 헤아려달라는 말을 남긴다. 최우에게 불타버린 대장경 대신 백성들의 뜻을 하나로 모을 수 있는 대장경을 새로 만들자는 김준. 대장경을 새로 만들겠다는 최우의 말에 김약선은 백성들의 어려움을 전하며, 그 일만은 해서는 안된다고 반대한다

32회
갈수록 병색이 짙어지는 최우(정보석)는 김준(김주혁)을 도방회의에 참석시키라 명을 내리고, 몽고는 고려에게 강화에서 나와 다시 개경으로 천도할 것을 요구한다. 김약선(이주현)은 김준과 함께 대장경 조성에 힘쓰라는 최우의 명이 여전히 못마땅하고, 최우는 그런 그가 더 실망스럽다. 한편 안심(홍아름)은 주군의 수발을 드는 첩실이 되어 김준의 눈앞에 나타난다.

33회
몽고군의 침략에 지형지물을 이용한 유격전을 펼치는 고려군. 김준(김주혁)은 최우(정보석)에게 세금으로 걷는 곡식을 제대로 받을 수 있도록 길을 만들자는 의견을 올린다.
김준에게 한때 송이(김규리)를 좋아한 적이 있냐고 묻는 최우. 이어서 최우는 김준에게 도방을 운영하는 일이 해볼만하겠냐고 묻는다

34회
도방을 위해서 후계자에 대한 결정을 어떤 방식으로라도 내려야겠다고 말하는 최우(정보석). 김준(김주혁)은 최우에게 몽고와의 전쟁 중에 백제 부흥을 외치는 세력들이 커지고 있다고 보고한다. 사람을 통해 대씨부인(김유미)이 최우에게 소개한 점쟁이와 김약선(이주현)의 행동을 보고받는 송이(김규리). 최우는 이규보(천호진)를 시켜 온 나라의 염원을 담은 대장경의 대역사를 시작하는 제문을 쓰라고 지시한다

35회
최양백(박상민)의 만류에도 불구하고 안심(홍아름)을 만나기 위해 길을 나서는 김준(김주혁)! 송이(김규리)는 급히 나가는 김준에게 더 이상 책을 잡혀서는 안 된다며 붙잡는다.
나주성 앞 백제 부흥군은 수적 열세에도 불구하고 김경손(김철기)이 공격을 잘 막아내자 전략을 바꿔 회유책으로 나간다. 전국토가 몽고군의 말발굽에 짓밟히는 가운데, 별초군이 성과를 올리고 있다는 보고를 받은 최우(정보석)는 길일을 택해 대장경 판각을 고하는 제를 올리게 된다..

36회
박승선은 주연지의 정체를 밝혀내고 송이(김규리)의 묵인 하에 김약선(이주현)을 몰아내기 위한 음모에 그를 이용한다. 강화에 물자가 운송되기 어렵자 김준(김주혁)은 굴포천에 수로를 만드는 공사를 생각해내고, 또다른 공역으로 민심이 흐트러질까 염려한 최우(정보석)는 도방을 비우고 직접 시찰에 나선다.

37회
김준(김주혁)은 최우(정보석)의 처분이 처음부터 결정되었고, 재수사는 아무 소용이 없을 거라는 주위의 충고에도 불구하고, 김약선(이주현)의 역모에 대한 재수사를 직접 주도한다.
한편, 김약선의 배반을 정확히 예언한 주연지를 불러 치하하던 최우는 황룡의 기운이 자신을 감싸고 있다는 그의 말에 안색이 변한다

38회
송이(김규리)는 도방에서 보낸 술을 손수 김약선(이주현)에게 따라주고, 김약선은 송이를 진심으로 사랑하였다는 말을 남기며 절명한다. 송이가 혼자가 된다면 그녀를 김준(김주혁)에게 주겠다던 최우(정보석)는 김준에게 별장의 벼슬을 내려 더욱 힘을 실어준다.
한편, 형님이 비명에 간 줄 모르는 김경손(김철기)은 이연년 등의 백제 부흥군과 마지막 결전을 벌인다.

39회
고종(이승효)은 현재 도방에서 김준(김주혁)의 위세를 전해듣고, 격구장에서 그에게 보검을 하사했던 과거를 떠올린다. 황위찬탈 모의 현장에서 박승선을 체포하고 직접 추국을 주도하는 김준! 김준으로부터 모든 사건의 실체를 보고받은 최우(정보석)는 남편을 죽인 송이(김규리)와 그 원인인 김준의 처분에 고심한다.

40회
김준(김주혁)은 최양백(박상민)에게 끌려와 최우(정보석) 앞에서 죽음을 청한다. 최우는 도방의 식구들을 이끌고 봉은사로 향하고, 불당에 접어든 이들은 신주에 적힌 이름을 확인하고는 모두 충격을 받는다.

41회
외조부의 손에 의해 아비와 어미를 잃게 된 태자비는 혼절하여 자리에서 일어나지 못하게 된다. 딸을 떠나보낸 최우(정보석)는 지체하지 않고 김준(김주혁)과 안심(홍아름)의 처분까지 마무리 한다. 한편, 조정은 도방의 후계자 문제에 대한 결론을 내라는 최우의 급작스런 명에 술렁이기 시작한다.

42회
도방의 후계자를 둘러싼 논쟁은 황실과 장군 무리까지 합세하여 이익 다툼의 장이 된다. 김준(김주혁)은 최우(정보석)의 영을 받아 은밀히 여행길에 오르고, 박송비(김영필)의 부탁으로 들린 고성현에서 사형수 임연을 구하게 된다. 한편 남도에서 각각 만종(김혁)과 만전(백도빈)을 따로 살펴본 김준은 최우의 심중을 헤아리고자 한다

43회
김준(김주혁)이 두 공자를 만나기 위해 남도로 내려갔다는 소문의 의미를 깨달은 신료들 사이에 설전이 벌어진다. 김준은 만전(백도빈)을 택하고, 그가 후일 백성을 해할 시 목숨을 빼았겠다는 약조를 한다. 한편, 최우(정보석)는 김준에게 힘을 실어주고자 만종(김혁)과 만전
모두에게 사람을 보낸다.

44회
만전(백도빈)은 최항으로 개명하고, 도방의 후계자임이 공표된다. 김준(김주혁)의 천거에 의해 최항의 최측근으로 임명된 최양백(박상민)은 새 주군을 위해 목숨을 바치겠다는 다짐을 한다. 한편, 주숙은 노예출신 김준과 천출의 몸에서 태어난 최항에게 권력이 이양되는 판세가 못마땅하다.

45회
최항(백도빈)이 상례에 마땅한 기간을 지키지 않고 상복을 벗도록 명하자, 조정의 불안이 고조된다. 대씨 부인(김유미)은 김준(김주혁)마저 나서지 않는다고 생각하여 최항을 훈계하고, 계모의 말에 천출인 친어머니를 떠올린 최항은 앙심을 품으며 과거 후계자 논쟁에 대해 알아본다.

46회
김미(이해우)의 서찰 때문에 불거진 김준(김주혁)과 최양백(박상민) 사이의 갈등은 김준의 당부를 최양백이 물리치며 깊게 패이게 된다. 김준은 영약한 만전(백도빈)보다는 어리석은 만종(김혁)을 택했어야 한다며 회한에 젖는다

47회
주숙(정선일)과 김효정이 죽고 그들 주변에 있던 장수들도 모두 처형되자 김준(김주혁)은 심란해 진다. 김경손(김철기)이 걱정되는 김준은 최항(백도빈)을 만나러 간다.

48회
고종(이승효)과 최항(백도빈)이 보는 앞에 격구 시업이 진행된다. 격구 시합은 시간이 갈수록 더 격렬하게 진행되고, 마침내 김준 (김주혁)과 최양백(박상민)이 맞붙게 된다.

49회
김준(김주혁)은 대씨(김유미)를 데리러 온 원발을 채찍으로 치며, 그녀를 데려가는 것을 막는다. 하지만, 최항(백도빈)은 사약을 내려서까지 대씨를 죽이려 하고, 김준은 그걸 막으려 하나 최항은 김준의 말을 듣지 않는다. 한편, 몽고에서 온 도케는 계속해서 고종(이승효)이 강화 밖으로 나오지 않는다면 전쟁을 하게 될 것이라 협박한다. 나라 안팎으로 이처럼 어지러운 상황이 계속되는 중에 이장용(이석준)은 김준과의 술자리에서 은밀한 제안을 한다.

50회
김준(김주혁)은 최항(백도빈)을 제거하고 싶지만 자신에게 최항을 부탁하고 죽은 최우(정보석)가 떠올라 갈등한다. 한편, 몽고의 예꾸는 홍복원과 이현, 영녕공과 함께 10만 대군을
이끌고 압록강을 넘어 온다.

51회
몽고와의 전쟁으로 인해 굶어죽는 백성들이 늘어나자 최양백(박상민)은 도방의 곳간을 풀어 백성들에게 먹을 것을 나누어 주자고 하나 최항 (백도빈)은 이를 거절한다. 한편, 김준(김주혁)은 박송비(김영필)와 이공주(박상욱)를 찾아가서 자신이 최항의 목숨을 거두겠다고 한다

52회
최항(백도빈)의 병세는 계속해서 악화되어 목숨까지 위태로운 상황에 놓인다. 최양백(박상민)은 최항의 병이 김준(김주혁)과 관계있음을 눈치 채게 되고 두 사람 사이의 갈등의 골은 더욱 더 깊어진다. 한편, 몽고군은 다시금 장수 자랄타이를 앞세워 압록강을 건너오고 고려의 백성들은 노예로 끌려간다.

53회
나라를 구한다는 명목 아래 김준(김주혁)은 혁명군을 일으키고 친위군에 소속된 장수들마저 혁명군에 가담하면서 최양백(박상민)은 위기에 놓인다. 한편, 몽고군의 침략으로 인한 전쟁이 계속되면서 백성들의 반란이 일어나자 고려는 태자를 몽고에 입조시키기로 한다.

54회
몽고에 도착한 태자(강성민)는 쿠빌라이에게 호의적인 태도를 보이고 무사히 고려로 돌아와 왕위에 앉는다. 하지만 이러한 친몽정책이 탐탁치 않은 김준(김주혁)은 국가쇄신 정책을 시행하려 하고 그의 주변사람들은 그런 그를 이해하지 못한다.
55회
노예출신으로서 김준(김주혁)은 역사상 처음으로 고려 최고의 품계까지 받게 된다. 하지만 이를 축하하는 연회장에서 김준과 이장용(이석준)은 정책을 두고 대립한다.
한편, 쿠빌라이는 다시금 왕이 된 원종(강성민)이 몽고에 입조하기를 원하지만 김준은 굴욕적인 일이라며 반대한다.

56회
몽고가 배 천척을 지원해 달라는 등 부담스러운 요구를 하자 고려는 점점 부담감을 느낀다. 김준(김주혁)은 몽고 군사와 이장용(이석준)을 제거할 계획을 세우고 임연(안재모)은 고민끝에 황실의 편을 들게 된다. 한편, 이장용과 강윤소는 김준을 제거하기 위해 원종(강성민)이 아프다는 이유로 김준의 환궁을 요구한다