28회
고주만(이순재)은 마지막까지 인주(유선)에게 광현(조승우)을 지켜주라고 유언을 하며 눈을 감는다. 한편, 광현과 인주는 고주만이 죽은 것에 대한 책임으로 의금부에 끌려간다. 명환(손창민)은 인주에게 광현을 살려주는 대신에 광현이 도준(전노민)의 후계자라는 것을 증명할 문서와 인장을 내놓으라고 한다.

29회
고주만(이순재)이 세상을 떠나고 그 뒤를 이어 수의 자리에 오른 이명환(손창민). 치종청의 현판을 내리고 그 자리에 특별시료청을 세우도록 명한다. 한편, 광현(조승우)의 죽음을 믿지 못하는 사람들. 각자의 방법으로 광현을 기다리고 시간은 흐른다.

30회
몇 년 후, 남장을 하고 전국적인 약계를 만든 지녕(이요원). 영달이라는 이름으로 신분을 숨긴채 활동을 한다. 한편, 사암(주진모)과 소가영(엄현경)을 따라 청국을 돌아다니며 병자들의 병을 돌보는 광현(조승우). 사암은 항주 관아 부태수의 부름을 받고 광현과 소가영과 함께 항주로 향한다.

31회
조선의료단 책임자로 청국에 도착한 이명환(손창민). 황제의 애첩 우희를 직접 확인하고 그 병증에 크게 놀란다. 한편, 조선으로 돌아가고 싶어도 돌아갈 수 없는 광현(조승우). 사암(주진모)은 조선으로 돌아가는 유일한 방법이라며 황제의 애첩 우희를 치료하는 데에 지원해보라 한다.

32회
현종(한상진)은 미복 차림으로 갈아입고 잠행을 나가고, 백성들이 더 이상 예전처럼 혜민서 치료를 받을 수 없다는 사실을 알게 된다. 광현(조승우)이 시술한 환자가 파상풍에 걸리고, 고주만(이순재)을 잃은 기억이 떠오른 광현은 또다시 외과술을 시도한다.

33회
청국에서 귀국한 지녕(이요원), 장인주(유선)은 혜민서를 그만두고 이윤을 남기지 않는 사설 약방을 차리기로 한다. 청국 황제 앞으로 끌려간 광현(조승우). 황제는 성밖에서 백성들의 부골저를 고친 의원이냐며 차갑게 바라본다.

34회
인주(유선)와 함께 치종원에서 가난한 병자들을 돌보는 지녕(이요원). 병자들로 붐비지만 손이 턱없이 부족하다. 한편, 조선으로 돌아온 광현(조승우)은 사람들에게 자신의 존재를 숨긴채 병자들을 돌본다.

35회
특별시료청에서 포기한 병자들을 고쳐낸 의원이 있다는 소문을 들은 이명환(손창민). 소문이 사실인지 확인하라고 명한다. 오규태는 다리를 절단해야 한다는 광현(조승우)의 말에 외과술을 거부한다. 광현은 더욱 다리의 상태가 더욱 악화될 것을 걱정한다.

36회
현종(한상진)에게 다리를 하나 잃었지만 병이 회복되고 있다고 말하는 오규태. 현종은 이명환(손창민)을 불러 자신에게 거짓말을 한 것이냐고 말한다. 한편, 자신의 자리로 돌아가겠다는 광현(조승우). 그동안 숨겨온 자신의 존재를 사람들에게 알린다.

37회
연회장에 등장한 광현(조승우)을 보고 놀라는 혜민서 사람들. 현종(한상진)은 청국 황제의 칙서를 가지고 돌아온 광현에 대한 처분을 고민한다. 한편, 각자의 방식으로 서로를 그리워하던 광현과 지녕(이요원). 두 사람은 서로를 찾다가 광통교에 다다른다.
38회
혜민서에 돌아온 광현(조승우)은 외과술로 환자들을 시료한다. 하지만 병자들은 생소한 외과술에 겁을 먹고 시술을 거부한다. 한편, 장부(臟腑)가 파헤처져 있는 시체가 발견되고 이를 본 사암(주진모)의 표정은 굳어간다.

39회
광현(조승우)은 세자의 지혈을 위해 모든 약재를 써보지만 피는 멈추지 않는다. 최형욱(윤진호)은 세자의 출혈을 막을 수 없을 것이라고 장담한다. 한편, 최형욱이 시체에 칼을 댄 것이라고 직감한 사암(주진모)은 그가 있는 곳으로 찾아간다

40회
최형욱(윤진호)은 광현(조승우)이 절대로 마지막 처방을 성공하지 못할 것이라며 장담한다. 하지만 광현은 자신만의 방법으로 새로운 처방전을 알아낸다. 한편, 도성에 두창이 번지고 혜민서에 실려 온 병자들의 수가 급격히 늘어난다.

41회
두창에 걸린 환자를 부축하다가 두창에 걸리고만 숙휘공주(김소은). 이 사실에 현종(한상진)은 물론 대신들까지 충격을 받는다. 한편, 회복이 불가능해보이는 병자를 포기하라는 최형욱(윤진호). 마지막까지 병자를 포기하지 않는 광현(조승우)을 비웃는다

42회
최형욱(윤진호)의 숙휘공주(김소은) 시술을 막아낸 광현(조승우). 광현은 마침(馬鍼)으로 숙휘공주를 살려내려 하지만 현종(한상진)은 왕실을 능멸하는 것이라며 격노한다. 이명환(손창민)이 최형욱과 함께 사향으로 숙휘공주를 위해하려 했다는 사실을 알게 된 광현. 이명환을 찾아가 모든 죄를 밝히겠다고 경고한다.

43회
성하(이상우)에게 서찰을 내미는 광현(조승우). 이 서찰로 명환(손창민)이 죗값을 치르게 될 것이라고 말한다. 한 의원의 죽음에 대한 투서로 조사를 받게 된 성조(김창완)와 명환. 성하는 자신의 아버지인 명환이 투서와 관련된 내용을 부정하자 괴로워한다.

44회
이명환(손창민)의 죄를 입증할 증험을 가지고 있다는 광현(조승우). 광현은 목숨까지 위협하고 싶지 않으니 죄를 자백하여 죗값을 치르라고 경고한다. 한편, 광현이 무언가를 자신에게 숨기고 있다고 느낀 지녕(이요원). 서두식(윤희석)을 찾아가 광현이 무엇을 숨기고 있는지 알려달라 한다.
45회
자신과 광현(조승우)을 둘러싼 출생의 비밀을 알게 된 지녕(이요원). 광현의 모든 것을 빼앗았다는 죄책감에 모든 사실을 밝히려한다. 한편, 대비(김혜선)의 시료를 전임하게 된 이명환(손창민)은 시료일지와 약재출납 등 시료에 대해 함구한 채 시료를 진행한다.

46회
지녕(이요원)은 대비(김혜선)에게 광현(조승우)과 자신의 신분이 바뀌었다 말하며, 광현의 시료를 거부하지 말아달라고 간절히 청한다. 이에 현종(한상진)은 물론 혜민서 사람들까지 광현과 지녕의 신분이 바뀌었다는 것을 알게 된다. 한편, 이명환(손창민)의 악행이 밝혀지고 대비의 시료를 맡게된 광현. 하지만 대비의 병이 너무 깊어 시술 방법을 찾지 못한다.

47회
이명환(손창민)은 제 발로 궐로 돌아와 그 동안의 악행과 비리를 고백한다. 현종(한상진)은 이와 관련된 모든 중신들을 벌하라고 명한다. 한편, 지녕(이요원)은 신분이 다시 관비로 내쳐질 위기에 처한다. 국법이 엄연하기에 광현(조승우)은 물론 현종까지 지녕의 면천을 위해 나서지 못한다.

48회
광현(조승우)은 지녕(이요원)을 면천 시킬 방법을 현종(한상진)에게 고한다. 하지만 현종은 왕실의 치부를 만 백성에게 알려야 한다는 고민과 중신들의 반발에 갈등한다. 한편, 강도준(전노민)의 후사로서 명문가 가문을 잇게 된 광현. 현종을 비롯한 중신들이 광현을 문관직으로 출사시키려한다.

49회
의식을 잃고 쓰러진 현종(한상진). 광현(조승우)은 현종의 병이 장옹인 것을 알고 충격에 빠진다. 한편, 혜민서 의원과 의관들 모두 현종의 시술에 동참할 것을 거부한다.

50회(마지막회)
드디어 정3품 당상관 어의(御醫)에 오른 백광현(조승우). 하지만 중신들은 의과도 치르지 않은 이에게 어의를 내린 전례가 없다며 필사적으로 항의를 한다. 중신들은 대비(이혜선)를 찾아가 도움을 청하고, 인주(유선)와 지녕(이요원)은 광현에게 절대로 물러서선 안된다며 마음을 굳게 먹으라고 이야기 한다.