영화감독 마틴 로젠은 전적으로 토끼들의 관점에서 이야기를 엮어감으로써 토끼들의 서로 다른 개성을 구별할 수 있다. 재미와 모험으로 가득 찬 워터십 다운은 충성심과 용기 그리고 영감의 전통적 가치를 다룬 매력적이고 신나는 이야기이다.
영국의 언덕과 평화로운 목초지 가운데 아늑한 토끼들의 사회가 형성되어 있다. 그들의 토끼굴이 인간에 의해 위험에 처하게 되는데 이를 예견한 파이버는 토끼들에게 경고해서 함께 떠날 것을 설득하지만 몇몇 토끼들만이 그의 말을 믿고 새로운 집을 찾아 떠난다. 예지 능력이 있는 토끼 파이버를 따라나선 용감한 빅윅, 똑똑한 블랙베리, 그리고 존경받는 헤이즐은 카우스립이 이끄는 토끼 무리를 만나 아늑하고 먹이가 풍부한 굴이 있다는 것을 알게 되지만 인간이 설치해 놓은 덫으로 가득한 지옥 같은 곳에서 동료를 잃을 뻔한 일도 겪게 되고, 무리의 수를 늘리기 위해 농장에서 사육되고 있는 토끼들을 구출해 내며 개와 고양이로부터 도망치기도 한다. 그들은 여행길에서 키하르라는 이름의 갈매기 친구를 얻게 되고, 자신들의 힘과 지혜로 찾게된 장소, 워터십 다운에서 새로운 굴을 발견해 새로운 삶을 시작한다. 그러던 어느 날, 에프라파라는 이름의 다른 토끼굴의 악랄하고 못된 지도자 운드워트 장군과 그 밑에서 억압받는 토끼들에 대해 알게 되어 그들을 구출하기 위한 전쟁을 치른다. 워터십 다운의 토끼굴까지 쳐들어온 운드워트 장군과 부하들에 대응하기 위해 토끼들은 개를 유인해 오고 결국 운드워트는 개에 물려 최후를 맞이한다. 헤이즐과 친구들은 워터십 다운에서 평화로운 새 삶을 이어나간다.