숲의 생명을 지킬 새로운 후계자를 지목하는 날, 타라 여왕(비욘세)과 전사들은 맨드레이크(크리스토프 왈츠) 일행의 공격으로 최대 위기에 처하고, 숲은 거대한 전쟁으로 혼란에 빠진다. 그 시각, 우연히 정체불명 소용돌이와 함께 숲속 세계로 빠져든 소녀 엠케이(아만다 사이프리드/한승연)는 타라 여왕으로부터 숲의 후계자를 찾는 유일한 열쇠인 꽃봉오리를 전달받는다. 새로운 후계자를 찾지 못하면 적들에 의해 숲이 파괴되고, 자신 역시 영원히 현실로 돌아올 수 없다는 사실을 알게 된 엠케이. 그녀는 탁월한 비행 실력을 지녔지만 반항기 다분한 숲의 전사 노드(조쉬 허처슨/정진운)를 비롯해 카리스마 넘치는 로닌 장군(콜린 파렐), 달팽이 듀오 멉 & 그럽과 함께 적들에 맞서 위험천만한 대결에 나서는데...