시대는1999년, 사회 전반이 점점 기계화되면서 사람이 하던 일을 기계가 대신하기 시작한다. 레이버라는 인간이 조종하는 기계가 각 분야에서 쓰이기 시작하고, 급기야는 레이버 범죄라는 신종 범죄가 등장하여 레이버 범죄를 전담하는 기동경찰, 패트레이버가 탄생한다.
도쿄 인근 해상에 바빌론 프로젝트라는 이름으로 거대한 구조물이 건설되기 시작할 무렵, 한 미치광이 박사가 바람이 불 때 생기는 저주파를 이용한 일종의 컴퓨터 바이러스를 개발하여 도쿄의 모든 레이버의 시스템에 감염시키고 자살한다. 얼마 후 태풍이 불고 경찰은 바이러스의 중심인 바빌론 구조물의 메인 컴퓨터에서 바이러스의 제거를 꾀하지만 실패하고, 수천대의레이버들이 폭주하기 시작하는데…