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원더우먼, 블랙벌컨, 호크맨을 속여 블랙홀에 빠지게 한 악의 군단은 지구에 남은 수퍼특공대에게 수수께끼를 맞히면 친구들 있는 곳을 알려주겠다고 하면서 점점 더 위험에 빠뜨린다. 하지만 수퍼특공대는 합심하여 어려운 수수께끼를 풀며 블랙홀로 다가가, 결국 친구들을 구한 뒤 지구로 내려와 악의 군단을 혼내준다. 또한, '리퀴드 라이트'라고 하는 치명적이지만 훌륭한 대체 에너지가 과학자들에 의해 개발되는데 너무나 중요한 물질이기 때문에 특별히 수퍼특공대원들이 연구소 경비까지 서고 있다. 여기에 브레이니악을 필두로 악의 군단의 무리들이 리퀴드 라이트를 손에 넣고, 수퍼특공대를 골탕먹이려고 나타난다. 악의 군단은 원더우먼의 올가미, 그린랜턴의 반지 등을 빼앗고, 리퀴드 라이트를 민간인 마을에 방출하는 등 그 어느 때보다 강한 기세로 나오지만, 수퍼특공대에겐 당하지 못한다.
편집작가 제프리 스콧은 작가로서 모든 장르를 다 다룰 수 있었다는 것이 슈퍼특공대가 개인적으로 좋았던 점이라고 말한다. 공포, 스릴러, 과학, 코믹캐릭터, 서부영화적 요소까지 모든 장르를 섭렵하는 슈퍼특공대는 모든 상상력을 펼칠 수 있는 장이다. TV시리즈에서 방영되었던 에피소드를 영화로 옮기면서 수준을 높였다는 것이 제프리가 강조하는 면이다. 만화책과 비슷하게 좀 더 강력한 캐릭터와 사건으로 악당들을 더 많이 등장시킴으로써 등장인물끼리의 다양한 싸움을 유도할 수 있었다. 특히, 스페셜 피처로 ‘Hall of domm’이라는 캐릭터 프로필이 들어있어, 그들의 무기나 경쟁자, 처음 나왔던 에피소드를 볼 수 있다.




악의 군단은 지구를 정복하기 위해 비너스란 행성에서 온 진보된 외계인 피어리언들과 손잡고 지구 정복을 돕는 대신, 후에 지구의 지배를 일임 받겠다는 약속을 받는다. 피어리언의 요구대로 지구의 환경을 비너스의 환경과 비슷하게 만들기 위해 교묘히 수퍼특공대를 이용하는 악의 군단. 함정에 빠졌다는 걸 뒤늦게 알아챈 수퍼특공대, 피어리언과 악의 군단이라는 두 개의 적과 대결한다.