이야기는 소년 ‘짐 홉킨스’가 남태평양으로 항해하는 것으로 시작된다. 신비한 보물 지도를 보며, 짐과 친구들은 행운을 찾아 나선다. 그러나 갑판에는 계략을 품은 키다리 ‘실버’와 거드름피우는 선원들도 함께 타고 있다. 실버의 선원들이 반란을 일으키고 짐과 친구들은 배에서 뛰어내리는데, 다행히 보물섬에 상륙한다. 그곳에서 난파한 ‘벤 건’의 도움으로 짐과 친구들은 키다리 실버와 그 일당이 덮치기 전에, 어딘가 묻혀있는 해적의 금을 찾는 모험에뛰어든다.