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1945년, 원폭 투하 두달 전의 히로시마. 전쟁의 상처로 온통 얼룩져 있는 작은 어촌에 모든 환자를 간염이라 진단하여 간장선생이라는 별명을 얻은 의사, 아카기가 있다. 사람들은 그를 돌팔이라며 수군거리지만 아카기는 아랑곳하지 않고 의사로서의 책임과 본분을 다하기 위해 동분서주한다. 어느날 전직 창녀인 소노코가 간호사로 들어오고 병원은 더욱 활기를 띤다. 아카기의 헌신적인 모습을 보며 소노코는 자신의 삶이 무엇인가를 깨닫고 결국 그를 사랑하게 된다. 그러나 간장선생의 관심사는 온통 간염을 잡는데 집중되어 있다. 사랑이 찾아와도, 하나뿐인 아들이 전쟁에 징집되어도 그는 여전히 간염박멸할 방법만을 생각하며 달려갈뿐이다. 그러던 중 아들 이치로의 전사소식을 듣게 된 아카기는 비통한 심정으로 신사에 무릎을 꿇고 다짐한다. "아들아! 간염은 내가 잡겠다." 하늘이 도운 것인지 아카기를 돕는 손길이 늘어난다. 이들은 각각 다른 방법으로 아카기를 도우며 고배율의 현미경을 이용, 간염균의 정체를 밝히려 시도하지만 처음부터 문제가 발생하는데...