한국과 일본의 수많은 팬들을 감동시킨 대작!

천황을 추대하는 존황파 유신지사와 막부체제를 고수하는 막부파간의 기나긴 전쟁 끝에 메이지 유신이 이루어지고, 그 유신의 세월 동안 유신지사에 가담하여 셀 수 없이 많은 사람을 죽여 왔던 히무라 켄신은 더 이상 살생은 하지 않겠다는 마음으로 역날검을 들고 다른 사람을 도우려는 여행길에 오른다.
그는 여행중 카미야 활심류 도장을 어렵사리 꾸려나가고 있는 카미야 카오루를 만나게 되고 그 곳에 정착하게 된다. 또한 사가라 사노스케와 묘진 야히코 같은 유신으로 인한 아픔을 지니고 있는 다른 사람들도 만나게 된다. 하지만 그와 같은 평온함도 잠시, 그에게 막부 시절 최고의 닌자 집단이었던 어정번중의 아오시가 찾아와 도전을 해온다. 나름대로의 한과 억울함을 품고 있던 그는 발도재 히무라 켄신을 죽임으로써 최강의 칭호를 얻어야만 할 이유가 있었던 것이다.
그러던 중 메이지 유신 전에 유신지사들의 반대편에 서있던 숙적, 신선조의 사이토 하지메가 유신 이후 경찰이라는 신분으로 찾아오고 세월의 아이러니를 느끼며 그들은 대결을 벌인다. 그 대결을 계기로 칼잡이로 명성을 날렸던 시시오가 반란을 꾸미고 있다는 것을 알게 된 켄신은 이 일에 휘말리는 것을 처음에는 거절하지만, 오쿠보 내무장관 암살사건을 계기로 쿄토로 가게 된다. 쿄토로 가는 도중 그는 미사오라는 닌자 소녀와도 만나게 되는데…