서기 2004년 지구는 갑작스레 정체불명의 지구외생명체에게 습격을 받았다. 하늘을 뒤덮는 UFO의 무리…… 잔인하고 냉혹한 침략자 이리저리 도망치는 사람들! 압도적인 과학력의 차이!
경찰도 방위군도 손도 못써보고 패하고 그리고……

나는 케로로 중사, 케론별 우주침략군 특수선행공작부대대장입니다. 지구침략을 위하여 은밀한 행동을 하고 있던 나는 히나타 훗키님과 히나타 나츠미님이라고 하는 지구인의 포로가 되고, 본대는 나를 두고 지구에서 후퇴해 버렸습니다. ……결국, 훗키님과 우호조약을 맷고 정식으로 히나타카 배속이 되어버린 나. 가혹한 노동을 매일 강요 당하고 있습니다만, 언젠가 반드시 지구를 정복 할 것입니다. 그때 지구에 잠복하고 있던 내 부하 타마마 이동병을 훗키님의 학교에서 발견! 이 상태로 우리 소대의 동료가 집결하면 좌절되었던 지구정복을 재개할 수 있습니다.